Die Abteilung Zentrale Angelegenheiten gliedert sich in sechs Referate:

• Das Referat Z 1 betreut die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Amtes personalwirtschaftlich. Daneben bereitet es bestimmte Personalverfügungen vor, die dem Bundespräsidenten vom Grundgesetz oder aufgrund eines Bundesgesetzes zugewiesen sind. Dazu zählen die Ernennung und Entlassung der Mitglieder der Bundesregierung, der Parlamentarischen Staatssekretäre sowie hochrangiger Beamter, Richter und Soldaten. Das Referat kümmert sich auch um alle Haushaltsangelegenheiten.
• Das Referat Z 2 ist für alle Bereiche des Inneren Dienstes sowie die Sicherheit der Liegenschaften des Bundespräsidialamtes, des Schlosses Bellevue und der Villa Hammerschmidt verantwortlich. Weitere Aufgaben sind die Organisation des Besucherdienstes, der mit Beschäftigten des Amtes durchgeführt wird, sowie von Veranstaltungen und Terminen im Schloss Bellevue in enger Zusammenarbeit mit dem Protokoll. Weitere wichtige Aufgabe ist die Unterstützung der Koordinierungsstelle bei Großveranstaltungen , wie z.B. dem Bürgerfest des Bundespräsidenten im Park von Schloss Bellevue oder dem Tag der offenen Tür in der Villa Hammerschmidt.
• Im Referat Z 3 liegen die Zuständigkeiten für die gesamte Datenverarbeitung und die Kommunikationstechnik im Bundespräsidialamt. Darüber hinaus ist dort der Geheimschutz angesiedelt. Dies schließt alle Angelegenheiten ein, die im Zusammenhang mit sicherheitsempfindlichen Tätigkeiten im Bundespräsidialamt stehen.
• Das Referat Z 4 ist für Protokollfragen sowie für die Vorbereitung und Durchführung von Großveranstaltungen des Bundespräsidenten, wie zum Beispiel das Bürgerfest des Bundespräsidenten im Park von Schloss Bellevue oder der Tag der offenen Tür in der Villa Hammerschmidt zuständig. Es sorgt für einen reibungslosen Ablauf aller Inlandstermine und von Veranstaltungen des Bundespräsidenten sowie des Chefs des Bundespräsidialamtes. Ein wichtiges Ziel der protokollarischen Betreuung des Staatsoberhauptes ist es, den jeweils richtigen Rahmen für eine Veranstaltung zu finden. Zum Referat Z 4 gehören auch die Hausintendanz und der Koch des Bundespräsidenten.
• Das Referat Z 5 ist das Rechtsreferat des Bundespräsidialamtes. Es prüft die Gesetze, die dem Bundespräsidenten zur Ausfertigung vorgelegt werden (Artikel 82 Grundgesetz). Das Referat hält den Kontakt zu den übrigen Verfassungsorganen und betreut als Justitiariat alle im Bundespräsidialamt anfallenden Rechtsfragen. Dies betrifft insbesondere das Verfassungsrecht, aber auch einfachgesetzliche Fragestellungen aller Rechtsgebiete.
• In die Zuständigkeit des Referates Z 6 fällt die Betreuung sämtlicher Liegenschaften des Bundespräsidialamtes. Dies beinhaltet alle Unterhaltungsmaßnahmen in technischer Sicht sowie die Betreuung von Baumaßnahmen. Darüber hinaus ist das Referat für den technischen Objektschutz und die Gärtnerei verantwortlich.